Le 19 mai 1991, le référendum sur l'indépendance qui suit les élections est remporté à plus de 90%, mais a été boycotté par la minorité serbe de Croatie.
Le 25 juin 1991, la Slovénie et la Croatie déclarent leurs indépendances. Ces indépendances se réalisent sans conditions préalables, et Belgrade perd du même coup une grande partie des droits de douanes, qui représentent une part majoritaire du budget fédéral. Parallèlement, L'Allemagne, qui y voit une occasion d'affirmer son influence en Europe, et l' Autriche apportent leurs soutiens diplomatique et financier à la Slovénie et à la Croatie. Du 26 juin au 7 juillet, l'armée fédérale yougoslave (la JNA), majoritairement composée de Serbes et Monténégrins, intervient en Slovénie, puis se retire rapidement après l'encerclement de ses unités dispersées.
